Управление МБОУ «Лицей № 21» осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации с учетом особенностей, установленных Федеральным законом «Об образовании в Российской Федерации», Уставом на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Единоличным постоянно действующим исполнительным органом учреждения является директор учреждения, который осуществляет текущее руководство его деятельностью.
Коллегиальными органами управления в лицее являются: общее собрание работников учреждения и педагогический совет.
В целях учета мнения обучающихся и родителей (законных представителей) по вопросам управления учреждением и при принятии учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, в учреждении действует родительский комитет и Совет обучающихся.
В целях учета мнения работников учреждения, в том числе педагогических работников, по вопросам управления учреждением и при принятии учреждением локальных нормативных актов, затрагивающих их права и законные интересы, действует профессиональный союз работников учреждения (первичная профсоюзная организация).
Заместители директора реализуют оперативное управление образовательным процессом и осуществляют мотивационно-целевую, информационно-аналитическую, планово-прогностическую, организационно-исполнительскую, контрольно-регулировочную и оценочно-результативную функции.
